Kontrola podatkowa w spółce z o.o.: co przygotować

Najpierw rozpoznaj pismo

Przeczytaj nazwę pisma, podstawę prawną, organ, podatek i okres, którego dotyczy. Wezwanie do wyjaśnienia rozbieżności może być elementem czynności sprawdzających z art. 272 Ordynacji. Takie czynności służą między innymi sprawdzaniu terminowości, formalnej poprawności dokumentów oraz ich zgodności ze stanem faktycznym. Nie stosuj do każdego wezwania zasad zawiadamiania o kontroli.

Kontrola podatkowa jest osobną procedurą opisaną w dziale VI Ordynacji. Z kolei pismo o kontroli celno-skarbowej odwołuje się do ustawy o KAS. Jej wszczęcie reguluje art. 62 tej ustawy, a art. 93 wyłącza rozdział 5 Prawa przedsiębiorców. Nie przenoś do niej opisanych niżej zasad 7 i 30 dni ani terminu zastrzeżeń do protokołu kontroli podatkowej.

Załóżmy, że urząd wzywa spółkę w ramach czynności sprawdzających do wyjaśnienia konkretnych zapisów. Czekanie na osobne zawiadomienie o kontroli może spowodować przeoczenie terminu odpowiedzi. W tym wariancie wykonujesz wezwanie w podanym terminie, po sprawdzeniu jego zakresu i podstawy. Jeśli pismo jest niejasne, wyjaśnij z organem, w jakim trybie działa i czego oczekuje; samo pytanie nie przesuwa terminu.

Zawiadomienie i pierwszy plan pracy

Co do zasady kontrolę wszczyna się po upływie 7 dni i przed upływem 30 dni od doręczenia zawiadomienia. Wcześniejsze rozpoczęcie wymaga zgody lub wniosku kontrolowanego. Jeśli organ nie wszczął kontroli w terminie 30 dni, potrzebne jest ponowne zawiadomienie. Tak stanowi art. 282b Ordynacji; data wystawienia pisma nie zastępuje daty jego doręczenia.

Nie jest to gwarancja tygodnia na przygotowania w każdej sprawie. Art. 282c przewiduje wyjątki, na przykład przy badaniu zasadności zwrotu VAT lub doraźnym sprawdzeniu warunków zawieszenia działalności. Po wszczęciu organ informuje o przyczynie braku zawiadomienia. Odrębny tryb z art. 284a pozwala rozpocząć kontrolę po okazaniu legitymacji, gdy czynności są niezbędne do przeciwdziałania przestępstwu lub wykroczeniu skarbowemu albo zabezpieczenia dowodów jego popełnienia.

W zawiadomieniu znajdziesz zakres kontroli oraz wstępną listę dokumentów i informacji oczekiwanych przez organ. Przy kontroli planowej pismo zawiera także informację o kategorii ryzyka. Przepis wymienia te elementy w art. 282b § 4. Lista jest wstępna: w toku kontroli mogą pojawić się dalsze żądania związane z jej przedmiotem.

Praktycznie załóż jedną kartę sprawy. Zapisz nazwę i NIP spółki, organ, znak pisma, datę doręczenia, podatek, okres, terminy oraz osobę koordynującą i zastępcę. Dołącz pismo z załącznikami i dowodem doręczenia. To zalecany sposób organizacji, a nie dodatkowy ustawowy formularz.

Zarząd, księgowość i pełnomocnik mają różne zadania

Zarząd organizuje pracę po stronie spółki. Księgowość może zebrać księgi, deklaracje i wyjaśnić zapisy, ale nie musi mieć umów, dowodów wykonania usług czy całej korespondencji handlowej. Wskaż więc również osobę, która zna zdarzenia i pozyska dokumenty od pracowników lub kontrahentów. Ustal, kto sprawdza odpowiedź przed wysłaniem i kto pilnuje nowych pism.

Osobno sprawdź reprezentację. Zarząd reprezentuje spółkę na podstawie art. 201 KSH. Przy zarządzie wieloosobowym przeczytaj postanowienie umowy o reprezentacji i porównaj je z aktualnymi danymi KRS. Jeśli umowa nie reguluje sposobu reprezentowania, art. 205 wymaga dwóch członków zarządu albo członka zarządu łącznie z prokurentem. Sama funkcja prezesa nie daje samodzielności.

Umowa z biurem rachunkowym ani UPL-1 do podpisywania deklaracji elektronicznych nie ustanawiają automatycznie pełnomocnika do kontroli. Ustal, czy konkretna osoba ma skuteczne pełnomocnictwo ogólne obejmujące sprawę. Jeżeli wybieracie pełnomocnictwo szczególne, opiszcie kontrolę, podatek, okres, organ i znak sprawy, a dokument podpiszcie zgodnie z reprezentacją spółki. Pełnomocnikiem jest osoba fizyczna mająca pełną zdolność do czynności prawnych, nie sama nazwa biura.

Pełnomocnictwo szczególne wywiera skutek od zawiadomienia organu podatkowego. Zachowaj więc dowód jego złożenia; podpisany dokument pozostawiony w folderze nie wystarcza. Formularz, podpisy i sposób przekazania wyjaśnia poradnik o PPS-1 do konkretnej sprawy spółki. Art. 284 § 1 Ordynacji wymaga ponadto ustanowienia pełnomocnika na wypadek nieobecności w czasie kontroli, jeżeli nie ustanowiono pełnomocnika ogólnego lub szczególnego.

Zbuduj pakiet według żądania, nie według nazw folderów

Punktem wyjścia są zakres kontroli i oczekiwania organu, nie jedna uniwersalna teczka. Art. 286–287 Ordynacji obejmuje udostępnienie związanych z przedmiotem kontroli akt, ksiąg i dokumentów oraz udzielanie wyjaśnień w wyznaczonym terminie. Poniższy podział jest praktyczną pomocą, a nie zamkniętym katalogiem ustawowym.

Dla każdej pozycji żądania zapisz: czego dotyczy, jaki okres obejmuje, kto ma materiał, gdzie znajduje się plik lub oryginał, czego brakuje i kiedy materiał będzie gotowy. Oddziel dokument otrzymany od dokumentu sprawdzonego i faktycznie przekazanego organowi. Sposób uporządkowania dowodów rozwija checklista dokumentów przekazywanych księgowości.

Jeśli kontrola dotyczy rozliczenia podatku, zestaw deklarację lub plik rozliczeniowy, jego korekty i potwierdzenia złożenia z ewidencją, na której oparto rozliczenie. Przy badanej transakcji połącz zapis w księgach z fakturą, umową lub zamówieniem, dowodem wykonania i płatnością, o ile takie dokumenty występują i dotyczą żądania. Nie zakładaj, że sama faktura odpowiada na pytanie o rzeczywisty przebieg zdarzenia.

Przykład: kontrola VAT obejmuje określony kwartał. Biuro ma fakturę za usługę i zapis w ewidencji, a zarząd przechowuje zamówienie oraz korespondencję potwierdzającą odbiór prac. Księgowość przyporządkowuje zapis do faktury, zarząd dostarcza posiadane dowody wykonania, a osoba prowadząca sprawę sprawdza kompletność odpowiedzi. Jeśli potwierdzenia nie ma, oznacza brak i ustala fakty. Nie tworzy protokołu z fikcyjną dawną datą tylko po to, aby zamknąć listę.

JPK na żądanie: sprawdź rodzaj, okres i sposób przekazania

Przy księgach prowadzonych komputerowo organ może żądać danych w odpowiedniej strukturze elektronicznej. Art. 193a wskazuje między innymi rodzaj ksiąg i okres objęty żądaniem, a art. 287 § 1 pkt 3 dotyczy przekazania danych podczas kontroli. PDF lub skan nie zastępuje wymaganego pliku JPK. Zleć księgowości eksport wskazanego zakresu i sprawdzenie, czy plik odpowiada żądaniu.

Nie utożsamiaj takiego wezwania z cyklicznym raportowaniem ksiąg. Obowiązki związane z rocznymi plikami JPK CIT mają własne zasady; tutaj punktem wyjścia jest konkretne żądanie organu. Zapisz strukturę, okres, termin, kanał przekazania oraz osobę przygotowującą i wysyłającą plik.

Ministerstwo Finansów wskazuje, że w kontroli podatkowej termin na JPK na żądanie nie może być krótszy niż 3 dni; dokładną datę ustalasz z wezwania. W uzasadnionej sytuacji, na przykład przy dużej ilości danych, można wystąpić o wydłużenie terminu. Zrób to przed jego upływem, opisz przeszkodę i proponowaną datę. Nie traktuj samego wysłania prośby jako zgody organu.

Uwzględnij wyjątek dotyczący KSeF. Art. 193a § 1a wyłącza z żądania na tej podstawie faktury ustrukturyzowane, wskazane w nim faktury wystawione poza systemem po ich przesłaniu do KSeF oraz faktury VAT RR i VAT RR KOREKTA wystawione przy użyciu KSeF. Nie oznacza to zwolnienia z przekazania innych ksiąg, dowodów lub wyjaśnień. Gdy żądanie budzi wątpliwość, wyjaśnij jego zakres z osobą prowadzącą sprawę i organem, zamiast samodzielnie pomijać pozycję bez odpowiedzi.

MF opisuje przekazanie JPK przez program księgowy albo aplikację Klient JPK WEB, a także na informatycznym nośniku danych. Wybierz sposób zgodny z wezwaniem i oficjalną instrukcją. Przy przekazaniu nośnika urzędnik sporządza protokół pobrania danych, który podpisują obie strony; sprawdź, czy wskazuje właściwe pliki. Przy prawidłowej wysyłce aplikacją pobierz UPO. Zachowaj dokładnie przekazany plik i potwierdzenie. UPO potwierdza przyjęcie pliku, a nie prawidłowość rozliczenia podatku.

Dzień rozpoczęcia i przekazywanie materiałów

W zwykłym trybie wszczęcie następuje przez doręczenie upoważnienia i okazanie legitymacji służbowej. Sprawdź oznaczenie spółki, kontrolujących, zakres, datę rozpoczęcia, przewidywany koniec oraz pouczenie o prawach i obowiązkach. Zakres kontroli nie może wykraczać poza upoważnienie. Pamiętaj jednak o wyjątkowym trybie rozpoczęcia z art. 284a; brak wcześniejszego zawiadomienia nie oznacza automatycznie, że należy odmówić współpracy.

Przechowywanie ksiąg w biurze rachunkowym nie znosi obowiązku ich udostępnienia. Art. 285a określa zasady dostępu do ksiąg prowadzonych lub przechowywanych poza siedzibą. Ustal wcześniej ich miejsce i osobę, która może je udostępnić. Na żądanie trzeba zapewnić dostęp w siedzibie spółki albo w miejscu prowadzenia lub przechowywania ksiąg, jeżeli udostępnienie w siedzibie może znacznie utrudnić bieżącą działalność. Organowi trzeba też zapewnić warunki do pracy zgodnie z art. 287.

Przy każdej odpowiedzi zachowaj pismo przewodnie, wykaz załączników, kopię przekazanego pakietu i dowód odbioru właściwy dla użytego kanału. W wykazie praktycznie podaj znak sprawy, numer pozycji żądania, nazwę dokumentu, okres oraz liczbę plików lub stron. Jeśli organ żąda wydania akt, ksiąg lub dokumentów na czas kontroli w sytuacjach z art. 286 § 2, wydanie następuje za pokwitowaniem. Odróżnij je od samego okazania lub przekazania kopii.

Brak dokumentu albo znaleziony błąd wymaga osobnej decyzji

Brak oznacz konkretnie: jaki dokument, za jaki okres, kto go szuka i jakie źródło może potwierdzić zdarzenie. Nie zastępuj go niezweryfikowanym opisem. Powiadom osobę prowadzącą sprawę, aby mogła wyjaśnić organowi stan przygotowań i ewentualnie wystąpić o dodatkowy czas. Uzgodnij również, które gotowe materiały przekazać w terminie. Własna lista braków nie zwalnia z obowiązków wynikających z żądania.

Jeśli podczas przygotowań wykryjesz błąd w deklaracji, od razu przekaż go księgowości lub doradcy wraz z pismem organu. Samo zawiadomienie o zamiarze kontroli nie zawiesza prawa do korekty. Natomiast w czasie kontroli podatkowej prawo to jest zawieszone w zakresie objętym kontrolą, a korekta złożona w tym zakresie nie wywołuje skutków prawnych. Po zakończeniu kontroli prawo do korekty przysługuje nadal. To reguła art. 81b Ordynacji; nie przenoś jej automatycznie na inne tryby, w szczególności kontrolę celno-skarbową.

Protokół i dalsza odpowiedź

Kontrola podatkowa kończy się w dniu doręczenia protokołu. Zapisz tę datę i przekaż cały dokument wraz z załącznikami osobie prowadzącej sprawę. Protokół zawiera ustalenia i ocenę prawną, lecz nie jest decyzją określającą podatek. Samo zakończenie kontroli nie oznacza więc zakończenia wszystkich możliwych działań organu.

Jeśli spółka nie zgadza się z ustaleniami, ma 14 dni od doręczenia protokołu na zastrzeżenia lub wyjaśnienia ze stosownymi wnioskami dowodowymi. Praktycznie wskaż punkt protokołu, opisz kwestionowane ustalenie, przedstaw własne stanowisko i dowód, który ma je potwierdzić. Samo zdanie „nie zgadzamy się z wynikiem” nie wyjaśnia, co organ powinien ponownie ocenić.

Przy obliczaniu terminu pomiń dzień doręczenia i licz kolejne dni kalendarzowe. Jeżeli ostatni dzień przypada na sobotę albo dzień ustawowo wolny, art. 12 przesuwa koniec na następny dzień po dniach wolnych, chyba że ustawa podatkowa stanowi inaczej. Nie zaczynaj odliczania od dnia, w którym zarząd przesłał protokół księgowej.

Art. 291 przewiduje, że brak zastrzeżeń lub wyjaśnień w terminie oznacza przyjęcie, iż kontrolowany nie kwestionuje ustaleń. Kontrolujący ma 14 dni od otrzymania zastrzeżeń na ich rozpatrzenie i zawiadomienie o sposobie załatwienia. Zachowaj odpowiedź organu razem z protokołem i dowodami. Spór o ustalenia, środki zaskarżenia lub dalsze postępowanie wymagają oceny konkretnej sprawy; nie zastępuje jej organizacyjna checklista.

Co powinno być gotowe po stronie spółki

Przygotowania są uporządkowane, gdy wiadomo, czego dotyczy kontrola, kto działa za spółkę, gdzie znajdują się materiały oraz kto pilnuje każdej odpowiedzi. Nie trzeba czekać na pierwszą kontrolę, aby ustalić te role. Przy organizowaniu nowego podmiotu można omówić obieg dokumentów i reprezentację w ramach pomocy w założeniu spółki. Obsługa konkretnej kontroli wymaga osobnego uzgodnienia zakresu pomocy.

• Pismo, załączniki i dowód doręczenia są zapisane razem; ustalono rodzaj procedury.
• Karta sprawy wskazuje podatek, okres, organ, znak, terminy i osoby odpowiedzialne.
• Sprawdzono reprezentację, pełnomocnictwo i zastępstwo na czas nieobecności.
• Każda pozycja żądania ma przypisany dokument albo opis braku, osobę i datę działania.
• Eksport JPK odpowiada wskazanemu rodzajowi i okresowi, a wysyłkę można udokumentować.
• Wiadomo, gdzie udostępnić księgi i jak zapisywać kolejne żądania oraz odpowiedzi.
• Po otrzymaniu protokołu wyznaczono osobę, która oceni ustalenia i termin reakcji.